Fruto da reestruturação do Exército, no ano de 2006, foi extinto o Regimento de Infantaria nº 8 (última unidade militar que ocupou as instalações) e, no mesmo espaço físico, foi criado um museu que permite mostrar parte do acervo museológico e patrimonial do Exército Português.

É um dos maiores museus do País, onde o visitante pode ver, para além da monumentalidade das fortificações e muralha, dos Quartéis do Casarão, do claustro do Convento de São Domingos e da Fonte de São José, todo um conjunto de elementos de interesse: História do Serviço de Saúde do Exército; Hipomóveis e Arreios Militares no Exército; Centro de Interpretação do Património de Elvas; Viaturas do Exército.

Todas estas salas são antigas dependências das unidades militares que passaram por Elvas – a última foi o Regimento de Infantaria nº 8 – adaptadas agora a esta finalidade e que agora se procurou, dentro do possível, recuperar na sua traça original.

Inaugurado oficialmente em 29 de outubro de 2009, o Museu Militar de Elvas constitui-se como o museu de maior área de implantação de Portugal (150.000m2 de área total) e alberga as coleções militares do Exército: Arreios, Serviço de Saúde, Transmissões, Viaturas Militares do Exército, Hipomóvel, Peças de Artilharia desde os meados do século XIX. Integra também o Centro Interpretativo do Património de Elvas, além da monumentalidade das suas fortificações, dos Quarteis do Casarão e a Fonte de São José.