O edifício da Alfândega Régia Museu de Construção Naval fica situado na rua Cais da Alfândega, no coração da zona ribeirinha de Vila do Conde, onde, outrora, laboraram os estaleiros navais vila-condenses.

Em pleno século XV, o apogeu do comércio marítimo provoca um crescente movimento nos portos do reino, ao qual o porto de Vila do Conde não é exceção. Assim, neste contexto D. João II, por carta de 27 de Fevereiro de 1487, cria a Alfândega Régia de Vila do Conde.
O edifício sofreu, ao longo do século XVIII, sucessivas ampliações de modo a colmatar as necessidades ditadas pelo intenso tráfego comercial que então se fazia sentir.